اصل تفسیر المیزان در بیست مجلد و به زبان عربی نگاشته شده‌است. ابتدا جمعی از مدرسین حوزه علمیه قم از جمله ناصر مکارم شیرازی، محمدتقی مصباح یزدی، سید محمد باقر موسوی همدانی، عبدالکریم بروجردی و... به ترجمهٔ کتاب پرداخته، آن را در ۴۰ مجلد به فارسی برگرداندند. اما از آنجا که نیمی از کتاب به خامهٔ سید محمدباقر موسوی همدانی ترجمه شده بود، به توصیهٔ علامه طباطبایی، باقی مجلدات کتاب یک بار دیگر به وسیلهٔ موسوی همدانی به زبان فارسی برگردانده شد تا کل تفسیر المیزان با یک قلم ترجمه شده باشد.

مؤلف ابتدا مجموعهٔ چند آیه از یک سوره را که سیاق واحدی دارد، ذکر می‌کند و به بیان مفردات، وجوه اشتقاق و مباحث لغوی می‌پردازد؛ سپس در بخش «بیان آیات»، به تفکیک هر آیه، کار تفسیر و تبیین مفاهیم را پی می‌گیرد و این‌جاست که ـ عنداللزوم ـ به نقل و نقد آراء مفسرین بزرگ اعم از شیعه یا سنی وارد می‌شود؛ در پایان نیز، بخشی را با عنوان «بحث روایتی» به بررسی و نقد روایات فریقین درخصوص آیات مورد نظر اختصاص می‌دهد. همچنین مؤلف کتاب در خلال تفسیر، به تناسب موضوع، مباحثی تحلیلی ـ توصیفی با رویکردهای فلسفی، اجتماعی، تاریخی یا علمی مطرح می‌کند که من‌حیث‌المجموع، تتمه‌ای بر تفسیر آیات است. با توجه به اندیشهٔ فلسفی علامه طباطبایی، تفسیر وی بر قرآن بیشتر رویکردی فلسفی می‌یابد اگر چه می‌کوشد تا از چارچوب قرآن و دایرهٔ دلالت‌های لفظی و معنایی آیات گامی فراتر نگذارد. او با دقت نظر و تسلط شگفتی که بر قرآن دارد، بارها و در جای‌جای المیزان، با قرار دادن آیات هم‌سیاق در کنار یکدیگر، ضمن اقامهٔ دلایل عقلی و استشهاد به براهین قرآنی به تبیین مفاهیم و ذکر مصادیق آیات می‌پردازد. تفسیر المیزان به جهت انصاف علمی، اتقان روش و دقت مضامین، از سوی عامه و خاصه در ایران و جهان اسلام همواره محل توجه و اقبال بوده‌است.